对于微生物标本分析，用拭子采集特定的标本或许是一种方法。对于标本采集者来说，了解适当设备和方法非常重要。用于标本采集的拭子，其一头通常是棉花、涤纶（一种聚酯）或者藻酸钙。尽管木质杄的拭子是可用的但大多数拭子都是塑料杄。通常木杄的拭子采集标本不被推荐，因为他们可能含有有毒物质，使单纯疱疹病毒失活并影响某些脲原体的鉴定。棉拭子（一头是棉花）可能带有某些脂肪酸，能干扰细菌和衣原体的存活。但是对于大多数非苛养菌，棉拭子并不会对它们造成影响。棉拭子也适用于支原体检测的阴道、宫颈和尿道标本的采集。聚酯纤维拭子应用比较广泛，可用于病毒标本的采集，且有助于化脓性链球菌的存活。藻酸钙拭子对病毒和一些细胞培养有毒性，同时也对淋病奈瑟菌属和解脲脲原体有害。这些拭子可用来采集衣原体标本。

杄部非常灵活且头非常小的拭子被推荐用于鼻咽部标本的采集、男性尿道标本的采集和淋病及百日咳鲍特菌的诊断。贴有“鼻咽部”标签的塑料杄拭子不大可能含有真正的鼻咽部菌群，更有可能含的是鼻部和喉部的拭样在实验室通常有用于标本运输容器盒的使用说明。检出患者潜在的病原体意味着要用特殊的采集方法和运输系统，这样才能有效的地提高病原体的存活率。用于病毒培养的标本需要特殊的运输培养基和储存条件，对于衣原体和支原体也有这样的要求。对于真菌的培养，不能使用拭子采集标本，因为拭子头上的纤维会干扰真菌镜检。但是拭子可用于酵母菌的采集。大多数标本容器都必须是无菌的，因为如果有细菌存在的话，将会影响培养结果的解释。采集便标本的容器不要求无菌，只需要干净，且瓶盖很紧。如果不确定标本是否需要无菌的容器盒，那么用无菌的容器盒。